台上有三位主角：明朝皇帝朱由檢、農民起義軍闖王李自成、清朝的攝政王多爾衮，或許還應加上一位，明朝的遼東總兵吳三桂。其實，還有一位主角一直為人們忽略：小小老鼠。
1644年，農歷3月15日，闖王李自成率大順軍抵達北京城北郊的居庸關。這里是北京城的最后一道天險，然而關隘卻無人防守，明朝總兵唐通出降。3月16日，大順軍到昌平。昌平的巡撫何謙逃走，總兵李守钅榮自缢。大順軍乘勢焚毀了明十二陵的享殿。17日，他們已經到達了阜成門外，將北京城包圍。
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這時的李自成，令一位投降了自己的明朝太監杜勳入城，要與崇祯皇帝朱由檢談判。在17日的夜里，杜勳向北京城頭用箭射了一封信，說明他要見皇帝，太監王承恩將他用繩子系了上來。杜勳告訴崇祯帝，李自成開出的條件是：割西北疆土給他，他另立為王，此后他將不奉诏，不入觐。另外，再給銀兩100萬兩犒軍，他就可以暫退河南。
接下來發生的事，人人皆知：李自成的隊伍勢如破竹，在3月18日攻破北京城，朱由檢倉皇出逃，在故宮后的景山吊死在一棵老槐樹上。
歷史在此留下了疑團：以李自成的實力，打敗眼前的明朝軍隊已經根本不是問題，又何必開出“西北王”的談判條件？如果朱由檢真的答應了他的條件，他還真退兵不成？
就在李自成進軍北京的路上，二月里，他曾在寧武關與明朝軍隊有過一場激戰。那一仗，明朝守軍不過幾千人，李自成的人馬有幾十萬，但明軍守將周遇吉拼死抵抗，大順軍還曾經中了明軍的計，一下子折損幾千人。最后李自成用人海戰術，前僕后繼以數萬人的代價，才拿下寧武。
慘勝之后，李自成心有余悸，前面的關隘還有很多，都這樣打還受得了？不如先班師回西安吧。不料就在他們想退之時，忽然又收到明朝大同和宣府的總兵的降表，于是又改變計劃，決定繼續向北京進發。
所以，或許也可以這樣推論，連李自成自己都沒想到，北京城拿下得如此輕易。他在寧武關遇到的只是一員總兵官的部隊，那么防守京城的，豈不是明朝最精銳的御林軍？
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“老鼠‘消滅’了明朝”
然而，1644年3月李自成所面對的北京，實際已是一座疫病蹂躏的鬼城。后人在講到明末清初改朝換代的這段歷史時，往往都注重講政治大勢，軍事攻防，歷史學家們很少有人關注到這場發生在崇祯十六年（1643年）北京城的慘烈大疫。
1997年，上海交通大學歷史系的曹樹基教授在他的論文《鼠疫流行與華北社會的變遷》中，提出了明末華北地區流行的大疫實際就是鼠疫，在2006年他與李玉尚合寫的《鼠疫：戰爭與和平》一書中，又對此觀點進行完善補充，明確提出：“老鼠‘消滅’了明朝”。
曹樹基的史料根據，大部分來自華北一帶清朝末年的地方志。根據他的勾勒，這場大疫，是從崇祯六年到崇祯十七年間流行，發源地大致在山西的興縣，然后到大同，再到潞安。接著，鼠疫傳到陝西的榆林等地。崇祯十四年時，大疫傳到河北大名府、順天府等地，那里的地方志上，都有“瘟疫，人死大半。互相殺食”的記載。崇祯十六年，也就是北京城破的前一年，北京也發生大疫。
為何判定北京的這場大疫是鼠疫？曹樹基查到的地方志記載和明人當時的筆記，人們稱這場大疫為“疙瘩瘟”、“疙疽病”，這實際是對腺鼠疫患者淋巴結腫大的稱呼，而當時的傳染性之烈，“死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者。” 有一個叫吳彥升的官員，剛准備去溫州赴任，他的一個僕人死了。他命另一僕人去棺材店買棺材，久久不見回來，竟然死在棺材店里。有一對新婚夫婦，婚禮之后，夫婦坐于帳中很久沒有出來，打開帳子一看，夫婦兩人死于床的兩頭。只有鼠疫才能有如此烈性威力。這場鼠疫，發生在北京城破前一年的二月到九月。
台灣的著名明史專家邱仲麟，于2004年在《明代北京的瘟疫及帝國醫療體系的應變》一文中，對北京的這場大鼠疫有更詳細的描述。到崇祯十六年四月時，北京每天死人上萬，以至于城門都被運出的棺材堵塞。沿街的小戶居民，十之五六死去，死在門口的最多，街頭連玩耍的孩子都沒有了。有一個統計數字，這場大疫奪走20萬北京人的性命，而北京城當時的人口，估計在80萬到100萬，也就是說，每四到五個北京人中，就死掉一人。“堪稱是一場超級大瘟疫”，邱仲麟寫道。當時的北京城里盛傳種種白衣人勾魂的流言，一到晚上，民間整夜敲擊銅鐵器驅鬼，“聲達九重”，官方也沒法制止——這是怎樣的一座鬼氣森森的城市！
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這時候，政府還能做點什么？當時的皇帝似乎已經顧不上這事。雖然在崇祯十六年二月疫情就爆發了，直到了七月，驸馬鞏永革上疏說，請皇帝“轸念孓遺，亟賜拯救”，這時朱由檢才下了一道谕旨，撥銀兩萬兩，令五城巡城御史收埋死屍，再撥一千兩銀子給太醫院，醫治病民。然而病人、死人太多，這點銀子杯水車薪，根本不夠用。
即使貴為宮廷官宦，也不能幸免鼠疫的肆虐。當時有位叫張真人的法師來北京，剛出宮不久就被皇帝叫了回去，命他施咒誦經來驅逐病魔，但死亡的人仍不見少。開始宮中每死一人，還能得到四千錢的撫恤，后來，連這個錢也沒了。
可以想象，這時駐在北京的明朝軍隊怎能幸免于瘟疫。邱仲麟寫道，當時在北京的明朝軍隊，名義上說有十來萬，大疫過后，少了一半。他引的一位明朝遺民張怡的說法，當時李自成的隊伍殺過來時，能上京城城牆上防守的軍人，連一萬人都湊不齊。不過，明朝的軍隊向來腐敗，駐京城部隊吃空額的現象由來已久，也就是說，原來到了軍隊發饷的時候，還可以叫許多百姓來頂替領饷，比如，叫來許多小商販或衙門班役來充場面，但現在百姓死得人太多，連頂替點名的人手也找不齊了！
不但是士兵、小販、雇工大批倒斃，北京城連叫花子都找不到了。當時的守城將官低聲下氣求人來守城，“逾五六日尚未集”，朱由檢下令讓太監三四千人上了城牆。到了李自成兵臨城下時，北京內城上五個城垛才有一個士兵，而且都是老弱病殘，“鸠形鹄面，充數而已”，三月十七日李自成已經到了西直門時，京城還沒什么像樣的防御，而士兵們每天只有百余文錢去買粥充饑，怎能抵擋李自成的精銳之師？
有史料說，當時的明朝軍隊打仗時，士兵躺在地上不肯動，軍官“鞭一人則一人起”，可是這個起了那個又趴下，說他們是軍心渙散也罷，全無斗志也罷，或許，這都是一群半死的病人。
邱仲麟在這里也同意曹樹基的看法：崇祯十六年的大鼠疫，間接造成了北京的淪陷與明朝的滅亡。
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戰爭與病菌
但是，這里仍有疑問。首先就是，李自成的隊伍攻進一個大疫之城，他們自己難道不會被傳染？下一個問題就是，那么清軍呢？李自成僅僅在北京呆了42天，接著是另一撥改朝換代，清朝人進來在北京建都，他們不會感染上大疫？
曹樹基對此的解釋是，李自成進城的時刻恰逢其時。正好到這個時候，北京的腺鼠疫已經基本平息，而肺鼠疫，因為天氣轉暖，還沒能流行開來。
這里要解釋一下腺鼠疫與肺鼠疫。一般人們都知道，鼠疫是一種由老鼠傳染的烈性傳染病。具體說，是由老鼠身上所帶的跳蚤，將鼠疫桿菌傳染給了人。這是腺鼠疫。腺鼠疫的顯著特征，就是淋巴結腫大潰爛。而肺鼠疫，常常是由腺鼠疫轉化而來，表現為劇烈胸痛、咳嗽、吐血。肺鼠疫的厲害，在于它是人與人之間的傳染，已經不需要老鼠作為中介，類似SARS。但是肺鼠疫的流行一般都是在冬天，需要在氣溫低的條件下。
“每一種疾病，有每一種疾病的機理。腺鼠疫的流行，到了老鼠和人都死到一定程度時，它就會平息下來。這個時候李自成來了。如果李自成早幾個月進來，他們也會被鼠疫消滅掉，不過，到最終清軍還會進來，這個大趨勢不會變。歷史的演變真是非常有意思。”曹樹基說。
在這個1644年的春天，李自成進北京又退出北京的前后，從曹樹基研究的史料上看，在天津及南方，繼續流行鼠疫。疫區一直伸延到了蘇州、杭州。從症狀的描述來看，既有腺鼠疫，又有肺鼠疫。
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今天，人們可以在網上看到關于鼠疫與明末清初歷史變局的各種假說。有人說，李自成的部隊后來與吳三桂及清軍的決戰之所以大敗，就是因為在北京已經感染了鼠疫，喪失了戰斗力。到后來，李自成屢戰屢敗一潰千里，就是這個原因。而清軍，占領北京后又遲遲不南下，聽憑南明建立流亡政府抵抗，也是這個原因。
對此，曹樹基並不敢認同。“李自成進北京后，應該鼠疫對戰爭是沒有直接的影響了，后來發生的那些都屬于政治史了。至少從史料上來說，沒有李自成及其部將士兵染病的記載。”
“這一點確實比較詭異。從歷史記載上看，李自成的部隊經過的地方，都變成了疫區，發生了大疫，但是確實沒有李自成部隊本身受感染的記錄。”
關于戰爭與疾病的因果關系，曹樹基的合作者李玉尚曾寫過一篇論文，講述太平天國戰爭時，霍亂的流行怎樣對這場戰爭發生影響。
在同治元年七月，太平天國戰爭已經到了決戰時刻。清軍一方，曾國藩的部隊本來已經形勢大好，滿以為可以一舉拿下南京。不想，一場凶猛霍亂使得“士卒十喪四五”，死去的人數以萬計，有時軍中病人連侍候服藥的人都沒有了。
“這個時候，正是太平天國一方大舉反攻的好時候。可是，霍亂同樣也襲擊了他們的軍營，使得他們也無力進攻。這樣，戰爭進入了僵持。本來預計馬上會結束的戰爭，又拖延了三年。”李玉尚說。
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這是最典型的疾病直接影響戰爭的事例。而李玉尚的論文和結論，最有說服力的證據，來自曾國藩的書信。
在以往，人們只關注明末清初的政治斗爭和軍事戰爭，在正史中，關于這段歷史時期的疫病記載不但少而且相當模糊。曹樹基說，他做這段研究時，看了大量地方志，而邱仲麟的研究，大量歷史資料是來自明人的筆記。
如果我們仔細去對應戰爭的軌跡與疾病的軌跡，仍會發現許多對不上的地方。或許，疾病流行本身的規律我們還沒有悟透；或許，是因為當時的記錄者也好，后世的閱讀者也好，目光早已被那改朝換代的大事變所遮蔽，已經無暇關注到在翻天覆地的狂飙之中，那藏在人間角落里的小小老鼠。
人與鼠：戰爭與和平
但是事情還沒有完。鼠疫最初是怎么發生的？為什么明末的幾場大鼠疫，都是從山西開始的？曹樹基開始注意到，自明清以來，山西長城口外地區的自然環境發生了巨大的變化，也就是說，從這時候開始，有大量的漢人遷入，大片原來的牧場被開墾成農田，這里的生態環境變了。
歷史記載，大批漢人進入塞外是在明嘉靖年間（1533-1534），大同邊衛發生變亂，許多漢人逃往口外投奔蒙古俺答。他們還大肆招徕漢族逃民在那里耕田。也有記載說蒙古俺答也從內地虜掠漢人過去，從事農活。
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本來在草原上生活著大量的老鼠。它們中也會有攜帶鼠疫桿菌的病鼠，“但是只要帶菌老鼠的種群小到不足以傳染流行，就沒關系。在草原上一般就是這個情況。”曹樹基說。但是，如果大量的人過去，改變了這種關系，情況就不同了。這時，人與鼠接觸的機會就大大增加，特別是在發生旱災的情況下。
據鼠類專家的研究，一旦發生旱災，老鼠會到處去找食物，其中不少就竄到了人類的集中居住地。而因為它們吃不飽，會導致體質變弱，這時它們身上帶的跳蚤會格外多，干旱使鼠洞內溫度相對升高，又促進了鼠疫桿菌在跳蚤體內的繁殖。
這時的老鼠對人就相當危險了。可是恰恰這時，人們——受了旱災的饑民們，偏偏要到處找老鼠。他們需要刨鼠洞里的糧食充饑。可以想見，這時人們帶回家的，不僅僅是老鼠們存下的糧食，更有老鼠們身上的跳蚤、和跳蚤們所帶的鼠疫病菌。
查一查明朝末年的歷史記錄，關于災荒特別是旱災的記錄觸目驚心：萬歷十年、十五年、四十五年，都曾發生瘟疫，也都是大旱之年，崇祯十四年之后，是連續四年的大旱，瘟疫也一直延續到明朝的滅亡之后。旱災發生后，災民們會四散逃荒，使得瘟疫也隨之四處擴散，而像北京這樣的都城，一旦感染瘟疫，又會隨著它向外輻射的條條官道，把病菌傳到帝國的四面八方。這還是在不打仗的情況下。一旦旱災、瘟疫和戰爭同時出現的時候——這正是明朝末年的情形——這個社會就開始崩潰了。
如果沒有戰事，或許明朝政府還可以集中精力去應付災荒。但明朝末年的時候，明王朝面臨著強大的外敵入侵。為了應付遼東防務的沉重負擔，于是加緊對社會攤派苛捐雜稅，這又導致社會矛盾激化，激起一輪又一輪的民變。戰爭，又導致災荒和疫病的后果成倍擴大，無法收拾。
1644年，一年中中國出現了三個皇帝，北京人有四分之一被鼠疫奪去生命。而據曹樹基估計，明末的崇祯年間，死于鼠疫流行核心區即山西、直隸、河南三省北部的疫死人口，要占到這三個省總人口的三分之一。
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災荒、疫病、戰爭，1640年代的中國，這幾種因素相互影響，相互作用，使得神州大地生靈塗炭，山河破碎。據學者統計，明清易代之際，因非正常死亡，中國的人口減少了約四五千萬。
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